Según Nintendo Life, el sitio ha recopilado algunas de sus referencias favoritas y más oscuras a Ocarina of Time en los juegos principales de Zelda posteriores, señalando que una nueva generación de jugadores —muchos de ellos con experiencia solo en títulos posteriores al N64 o sin experiencia previa en la saga— podría no reconocer todas las alusiones.
En Majora's Mask, Nintendo Life apunta que el propio juego referencia a Link: Skull Kid y The Happy Mask Salesman reconocen a Link y mencionan sus hazañas previas en Ocarina of Time. El artículo también destaca conexiones de personajes y objetos, como que Anju's Grandmother es Granny de OoT y que en su silla de ruedas aparece un retrato de un tigre; en la versión de 3DS hay detalles añadidos, como la posibilidad de pescar a Lord Chapu-Chapu y la presencia de un peluche del caballo de Ganondorf en el suelo de Romani's Ranch.
Nintendo Life recuerda que, tras el lanzamiento de Ocarina of Time y su establecimiento canónico como la Sealing War referida en el manual de A Link to the Past, el texto de apertura en la reedición de GBA cambió de "siete hombres sabios" a "siete sabios" (traducción según Nintendo Life) para vincular directamente a los sabios que aparecen en Ocarina of Time.
Respecto a Wind Waker, Nintendo Life enumera múltiples guiños: frases musicales y variaciones que remiten a Kokiri Forest o al interior de Lord Jabu-Jabu; el tema de los Sacred Shrines como variación del primer calabozo de OoT; inscripciones en las Goddess Statues que se traducen como Din's Fire, Nauru's Love y Farore's Wind; la figura del Rito Koboli modelada con rasgos del cartero de Majora's Mask, según la Nintendo Gallery; y objetos expuestos en la Nintendo Gallery como botellas de Lon Lon Milk, Bunny Hood y Keaton Mask, además de un busto inacabado que, por forma del rostro y peinado, identifican como Saria, según Nintendo Life.
